Osmanlı idari yapısında gayrimüslim zümreler için millet sistemi adı verilen bir uygulama söz konusuydu. Bu sistemde her inanca sahip toplum kendi dini kurumları merkezinde idare ediliyor, hak ve özgürlükleri milletlerin temsilcileri kabul edilen kurumlarca idame ediliyordu. Osmanlı'nın iki büyük gayrimüslim milleti olan Rumlar ve Ermeniler bu kapsamda Osmanlı milletlerinden biri olarak görülmüş ve muamele görmüşlerdir.
İstanbul'un fethi sonrasında yürürlüğe konan bu sistem ile en kalabalık azınlık olan Rumlar gerek devlet idaresinde gerek se ticaret hayatında öne çıkıyordu. Tanzimat fermanına kadar olan sürede işleyen bu anlayış Osmanlı'nın son dönemlerinde önemli ölçüde değişti. Dış müdahalelerin ve misyonerlerin ayrılıkçı faaliyetleriyle üretilen azınlıklar sorunu neticesinde ayrılıkçı faaliyetler arttı ve 1821 Mora İsyanıyla Yunan bağımsızlığı dengeleri değiştirdi. Rumlar devlet yönetiminden uzaklaştırıldı ve suça karışanlar ağız cezalara çarptırıldı. Bu gelişme sonrasında ayrılıkçı faaliyet gütmeyen Ermenilerin itibarını arttırdı. Tebaa-ı Sadıka deyimi de bu dönemde kullanılmaya başlandı.
Bu gelişmeden istifade eden batılı devletler Ermeniler'e karşı oluşan olumlu havadan istifade ederek özellikle Fransız ve Amerikan misyonerlerin faaliyetleriyle okul, hastane, kilise, v.b. kurumlarla ayrılıkçı faaliyetler yürüttüler. Batılı devletlerin baskısıyla Osmanlı Katolikler (1830) ve Protestanlar (1850) ayrı bir millet olarak tanımak zorunda kaldı. Süreç gelişerek 1856 - Islahat Fermanı ile özerkliğe kadar vardı. Ermeni Nizamnamesi de 1863'de yürürlüğe kondu ve Ermeniler Özerk bir yapıya kavuştular.
Diğer taraftan Ermeniler Anadolu'nun genelinde, özellikle Güneydoğu Anadolu'da yaşıyorlardı. Ancak hiçbir vilayette nüfus çoğunluğuna sahip değillerdi. Bununla birlikte Kürt nüfusla yakın temasi çerisinde bulunuyorlar ancak Kürt-Ermeni aşiretleri arasında şiddetli çatışmalar meydana geliyordu. Bu çatışmalar Ermeni sorununun zeminini meydana getirecektir.
Ermeni Sorunu ifadesi ilk olarak Ayastefanos Antlaşması'nda geçer (1878). 93 Harbinde Osmanlı şehirlerini işgal eden Ruslar, Ermenilerin desteğini alarak ayrılıkçı faaliyetler konusunda cesaretlendiriyordu. Bu desteklerini yazılı hale getirerek Osmanlı'ya Anadolu Islahatı adı altında Ermeni Reformu uygulamaya mecbur bıraktı. Her ne kadar İngilizler Ayastefanos Antlaşmasından memnun kalmayıp Berlin'de İngiltere lehine yeni bir antlaşma imzalasa da Ayastefanos'ta Ermeniler'in lehine olan maddeler 1878 - Berlin Antlaşması'nda da aynı şekilde yer aldı.
Ermeni Cemiyetleri ve Ayaklanmalar
Osmanlı'da ilk Ermeni cemiyeti 1860'da İstanbul'da Hayırsever Cemiyeti adıyla kurulmuştu. Sonraki yıllarda Van'da Araratlı, Muş'ta Okulsevenler ve Doğu, Erzurum'da Milliyetçi Kadınlar dernekleri ortaya çıktı. Bu cemiyetlerden bir kısmı Ermeni Birleşik Cemiyeti adı altında birleştiler. Önceleri kurulan bu cemiyetler toplumsal dayanışmayı amaçlayan sivil cemiyetlerdi. Ancak sonraları ayrılıkçı cemiyetler ortaya çıkmaya başladı. Bulgar Silahlı Hareketini kendilerine örnek alarak bağımsızlıklarına kavuşabileceklerini düşünüyorlardı. Bu amaçla Van'da 1878 - Kara Haç Cemiyetini kurdular. Osmanlı toprakları dışında ise 1887 - Hınçak Komitesi kuruldu. Bu komitenin amacı tahrik ve tedriş (terör) kullanan bir köylü-işçi hareketi meydana getirmekti. Bir diğer komite de Tiflis'te kurulan 1890 - Taşnak (Daşnaksutyun/Federasyon) komitesiydi.
İçeride Kara Haç, batıda Hınçak, doğuda Taşnak komiteleriyle faaliyet yürüten Ermenilerin ilk faaliyetleri kendilerini desteklemeyen Ermeniler oldu. Kumkapı Ermeni Patrikhanesine saldıran komiteciler, destek göremedikleri isimlere tehdit mektupları gönderip zengin Ermenilerden yine tehditle para toplama faaliyetlerine giriştiler. Ardından yerel idarelere saldırılar düzenlemeye başladılar. 1892'de Van valisine suikast ile başlayan eylemler Amasya, Merzifon, Çorum, Tokat, Yozgat gibi vilayetlere de sıçradı. 1894'de Sasun'da çıkan isyanda büyük bir tehdit haline geldikleri anlaşılmıştı. İsyanlar güçlükle bastırılabildi. Yaşananları fırsat olarak gören Fransa ve Rusya, Osmanlı Devleti'ne 1895'de Nota vererek ıslahatların bir an önce gerçekleşmesini istedi. Bunun üzerine 2. Abdülhamit, Islahat Layihası yayınlasa da Ermeni komiteciler bunu yeterli görmeyip tarihe Bâb-ı Ali Nümayişi olarak geçen hadiseyi sahnelediler. Hükümet binasına yürüyen göstericiler, binaya girmelerine izin vermeyen askerlerle çatışıp başlarındaki komutanı öldürdüler. Bu olay halkta infiale yol açtı ve Ermeniler ile Müslüman ahali arasında aylarca süren karışıklığa neden oldu.
Ermeni komitecilerin amacı müslüman halk ile ermeniler arasında bir iç savaş ortamı meydana getirip dışarıdan müdahaleye uygun bir zemin hazırlamaktı. İlk hamle olarak Bâb-ı Ali Nümayişi ile Müslüman ve Ermeni halkı karşı karşıya getirdikten sonra terör faaliyetlerine giriştiler. Silahlı komiteciler sivil halkı hatta çocukları hedef alan eylemler düzenleseler de amaçlarına ulaşamadılar. Zira Ermeni halktan yeterli desteği göremediler. Yapılan eylemler halkı karşı karşıya getirmeye yetmemiş ve terör faaliyeti olarak kalmış, bu faaliyetler de kolluk kuvvetleri tarafından bastırılmıştı.
Ermeni çetecilerin en çok ses getiren eylemi 2. Abdülhamit'e Suikast girişimi oldu (1905). Suikast girişimi başarısızlıkla sonuçlansa da Ermeni sorunu hat safhaya ulaşmış oldu.
Meşrutiyet Dönemi ve İttihatçılarla İttifak
2. Meşrutiyetin ilanı ile Ermeni sorunu yeni bir sürece girdi. İçeride ve dışarıda tüm sorunların çözümü için bir ümit uyanmıştı. Ermeni Cemiyetleri ile İttihat ve Terakki Cemiyeti seçim ittifakı kurdular. Bu ittifak neticesinde mecliste 10 Ermeni mebusu görev aldı. Terör faaliyetleri yürüten Ermeniler, çetecilik faaliyetlerinden vazgeçmeseler de meclisteki faaliyetlere öncelik verdiler. 1908 seçimlerinde 10, 1912 seçimlerinde 13, 1914 seçimlerinde 16 mebus alarak mecliste de giderek güçlendiler. Zaman içerisinde yürütülen politikalar Ermenilerin lehine şekillendi ve 1914 - Yeniköy Antlaşması ile Ermeni Islahatları yabancı ülkelerin gözlemcilerinin de katılımıyla hayata geçirildi.
Zorunlu Göç
Dünya Savaşı'nın patlak vermesiyle Ermeni sorununun da çözümüne dair ümitler ortadan kalktı. Ortaya çıkan savaş ortamını fırsata çevirmek isteyen Ermeni komiteciler Rus Himayesinde bir Ermeni Devleti kurma politikası benimsediler. Rus ordusunun Anadolu'yu işgal hareketi başlayınca Ermeni çeteciler de pozisyonlarını belirlediler. Rus kuvvetlerinin saldıracağı bölgelerde önceden isyan çıkartarak belli bölgeleri ele geçirmeye muvaffak oldular ve gönüllü birliklerle Rus kuvvetlerinin saflarında yer aldılar. İlk ciddi isyan Urfa'da ardından Van'da gerçekleşti. Rus ordusuyla planlı olarak hareket eden Ermeni çeteciler, hem Rus kuvvetlerinin önünü açıyor hem de uyguladıkları katliamlarla demografik yapıyı değiştirmeye çalışıyorlardı.
Savaş halinde cephe güvenliğini tehdit eden bu gelişmelere karşı önlem alan devlet idaresi tüm İhtilalcı Ermeni Cemiyetlerinin kapatılmasına karar verdi. 26 Nisan'da gönderilen tamimle suçlular askeri mahkemelere sevk edildi. Bu sırada Van isyanı devam ediyordu. Türk mahallelerini yıkan, müslüman ahaliyi toplu olarak katleden Ermeni çeteciler şehri Rus ordusundan önce ele geçirdiler. Bu başarıdan cesaret alan çeteciler faaliyetlerini arttırarak devam ettirdiler. Yaşanan olaylar üzerine Osmanlı Başkumandanlığı İçişleri Bakanı Talat Bey'e isyancı Ermenilerin aileleriyle birlikte Rus sınırına ya da Anadolu içlerine gönderilmesini, yerlerine müslüman ahalinin iskan edilmesini tavsiye eden bir yazı gönderdi.
Bu talebin ardından önce Van ve bölgesindeki Ermeniler için sevk ve iskan uygulandı (2 Mayıs 1915). Ancak isyan tüm Anadolu'da artarak devam etti. Bunun üzerine yeni bir kanun hazırlanarak 27 Mayıs 1915'de yayınlandı. Karar uyarınca Ermeniler sevk ve iskan edilerek yerleri değiştirilecek, can ve mal güvenlikleri sağlanacak, yeni hanelerine yerleşene kadar iaşeleri devlet tarafından karşılanacak, eski mülk ve malları karşılığında kendilerine ödemeler yapılacaktır. Söz konusu kanunda "Tehcir" ifadesi hiçbir suretle geçmemektedir.
Geri Dönüşler
Dünya Savaşı'nın sona ermesiyle Ermenilere uygulanan zorunlu göç uygulaması 10 Nisan 1918'de yeni bir kararla revize edildi. 60 yaşını geçmiş ve yardıma muhtaç olanların geri dönmelerine izin verilmesi kararlaştırıldı. 18 Aralık 1918'de uygulamaya konan karar neticesinde bir kısım Ermeninin geri dönüşü sağlanmıştı. Ancak Ermeni grupları amaçlarına ulaşamamışlardı. Osmanlı'nın savaştan mağlup çıkması üzerine ortaya çıkan yeni süreci değerlendirmek amacıyla batılı devletlerin de desteğiyle katliam ve tehcire maruz kaldıkları iddiasıyla yeniden faaliyete geçtiler. Konunun tahkikatı amacıyla pek çok komisyon kurulmuş, özellikle İngiltere ve Fransa sürece dahil olarak üzerinden politika yürütecekleri bulgulara ulaşmaya çalışmışlardır. Ancak tehcir veya katliama dair hiçbir belge yahut bulguya rastlanamamış, bunun üzerine yabancı devletlerin tahakkümünde kurulan tehcir mahkemelerinde yalancı şahitler üzerinden yargılamalar yapılmaya çalışılmıştır. Bu mahkemelerde bir kısım cezalar verilmiş olsa da devlet nezdinde planlı bir katliam yahut tehcire dair hiçbir belge bulunamamıştır. Günümüzde dahi olmayan belgeler üzerinden lobi faaliyetleri yürütülmekte, delile dayanmayan iddialarla Ermeni sorunu ayakta tutulmaya çalışılmaktadır.